V roce 1684 se mohli někteří Židé, pronásledovaní ve městě Neustadt/Waldnaab, usadit ve Flossu. Sídlili mimo tehdejší obec, na vrchu, který je dodnes nazýván „Židovská hora“. Protože Židovská hora patřila klášteru Waldsassen, byli Židé povinni platit poplatky nejen kurfiřtu a obci Floss, ale také klášteru. Židovská obec ve Flossu byla politicky autonomní, podobně jako tomu bylo v Čechách, měla svého vlastního starostu, vlastní radu a disponovala vlastními cechy. Židé se zabývali většinou obchodem s dobytkem. Po velkém požáru v roce 1813, jehož obětí byla téměř celá Židovská hora, byla v roce 1813 postavena dnešní synagoga. Do té doby existovala pouze modlitebna. V roce 1817 byla nová synagoga vysvěcena rabínem. K rabínské obci patřily také sousední obce Neustadt/Waldnaab, Weiden i. d. Opf. a dočasně také Waldsassen a Tirschenreuth. V sedmdesátých letech 19. století získal železniční spojení nedaleký Weiden. Tamější obec se stále více emancipovala a začali do ní přicházet i Židé z Flossu. Obec Floss byla přesto dlouho „mateřskou obcí“, židovské děti z Weidenu navštěvovaly školu ve Flossu a pochovávalo se na tamním hřbitově. V době Třetí říše, v roce 1934, kdy se konaly oslavy 250-ti letého výročí příchodu Židů do Flossu, již byla patrna blížící se tragédie Židů. V noci, dne 9. 11. 1938 ("Křišťálová noc") byla synagoga vyloupena a těžce poškozena. Poslední zbylí Židé byli z Flossu odvezeni a v květnu roku 1942 oznámili vysocí političtí představitelé v tajných zprávách, že Floss „je od Židů vyčištěn“. Po roce 1945 sloužila zdevastovaná, prázdná synagoga střídavě jako prádelna, škola a ševcovská dílna. S konečnou platností byla předána zemskému židovskému spolku v Bavorsku a za podpory státu zrekonstruována. Po znovuotevření v roce 1980 slouží synagoga pouze kulturním účelům.